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pBM16A Toposmart Cloning常見問題分析
點擊次數(shù)：1013 更新時間：2021-04-06
pBM16A Toposmart Cloning Kit
產(chǎn)品信息： |
| |
組 成 | YCL071-01 | YCL071-02 |
pBM16A Vector (20ng/ml ) | 20ml | 20ml×3 |
10×Toposmart | 20ml | 20ml×3 |
Control Insert | 5ml | 5ml |
M13F Primer | 0.1OD | 0.1OD×3 |
M13R Primer | 0.1OD | 0.1OD×3 |
保存條件：-20℃保存，有效期一年。產(chǎn)品介紹：
pBM16A Toposmart克隆試劑盒利用痘苗病毒的拓撲異構(gòu)酶I(Topoisomerase I)的切割再連接的特點將片段克隆到載體中。不僅適用于克隆由Pfu、KOD、Xerox、Phusion 和Q5等高保真DNA聚合酶擴增的平末端PCR產(chǎn)物，也可克隆由Taq、Tth和klenTaq等DNA聚合酶擴增的帶A尾的PCR產(chǎn)物。試劑盒中的pBM16A載體為線性化的質(zhì)粒?？梢杂靡飳13F和M13R進行菌落PCR鑒定陽性克隆。
產(chǎn)品特點：
（1）連接反應(yīng)僅需5 分鐘。
（2）適用于平末端PCR產(chǎn)物和帶A尾的PCR產(chǎn)物。
（3）載體采用了新的制備工藝，無需藍白斑篩選。
（4）克隆位點兩旁都有Smal和EcoR V酶切位點，適合單酶切鑒定。
（5）載體具有氨芐青霉素抗性。
操作步驟：
1.連接反應(yīng)
按下表，在一個0.2ml PCR 管中依次加入
成分 | 體積 |
DNA *#片段 | 0.5-8µl |
pBM16A Topo載體 | 1ml |
10×Toposmart | 1ml |
補水至總體積 | 10ml |
加完試劑后，輕輕混勻低速離心，使溶液集中在管底。
注意：此步驟不要在低溫條件下（冰水?。┥喜僮?。
2.反應(yīng)溫度及片段要求
室溫下（20-30℃）放置 0-5 分鐘，然后將離心管放置在冰上。如當天不進行轉(zhuǎn)化實驗。請將連接產(chǎn)物置于-20℃保存。
注意：DNA *#片段的用量見下表
片段大?。?/span>bp） | 建議用量（ng） |
100-1000 | 20-50 |
1000-2000 | 50-100 |
2000-5000 | 100-200 |
室溫下（20-30℃）反應(yīng)時間 5-30 分鐘，如果室溫較低，推薦使用 PCR 儀器控制溫度。可以設(shè)置 25℃反應(yīng) 5 分鐘。如果 PCR 產(chǎn)物電泳檢測僅有很銳利明亮的條帶，無引物二聚體和非特異性條帶存在，可直接取 0.5-1µl PCR 產(chǎn)物原液進行克隆。
3.陽性對照反應(yīng)
取1µl 試劑盒提供的1kb長度的對照片段LacZ 基因α肽片段進行克隆，轉(zhuǎn)化具有α 互補功能的大腸桿菌感受態(tài)細胞（如 DH5α,*0,Mach1-T1 等）。菌液涂布在含有IPTG,X-gal 的LB 氨芐平板上，次日藍色菌落為陽性克隆，說明有片段插入，白色菌落為空載體。
4.轉(zhuǎn)化
1.取5µl 連接產(chǎn)物到50-100µl 剛剛?cè)诨母惺軕B(tài)細胞中，輕輕混勻，冰浴2-30 分鐘。
2.42℃水浴中熱擊30 秒鐘。
3.立刻置于冰水浴中2 分鐘。
加入300-500µl 無菌的不含抗生素的SOC 或LB，37℃，200-250rpm 振蕩培養(yǎng)60 分鐘。
注：小于 2kb 片段可以不復(fù)蘇，直接涂平板。
4.吸取200µl 菌液涂布。為了得到更多的菌落，可以先4000rpm 離心1 分鐘，去掉部分上清，用移液器輕吹菌體，充分懸浮菌液，取全部菌液涂布，然后 37℃培養(yǎng)過夜（12-16 小時）。
5.陽性重組子的鑒定菌落 PCR
（1）菌落PCR方法鑒定陽性克隆
① 用10l吸頭挑選克隆至預(yù)先加有10μl無菌水或LB培養(yǎng)基的PCR管中，吹打混合。
② 25l PCR反應(yīng)體系：取2μl細菌懸液為模板、加入5μM 濃度的M13F/M13R各
1μl進行PCR擴增。
③PCR擴增條件：95℃預(yù)變性5分鐘（裂解細胞，失活核酸酶），94℃變性10秒鐘，55℃退火10秒鐘，72℃延伸（ 根據(jù)片段的大小決定延伸時間，通常每1min/1kb）X秒，30個循環(huán)，72℃后延伸5分鐘。1%瓊脂糖凝膠電泳分析擴增結(jié)果，有強烈的明顯條帶的克隆為重組體，與插入片段大小相近（M13F/M13R 引物在克隆位置的兩側(cè)，所以PCR擴增出的DNA的長度比插入片段大138bp） 可視為陽性克隆。菌落PCR方法鑒定重組子時一定要設(shè)立一個不加菌液的陰性對照。
（2）測序：用M13F、M13R通用引物對陽性質(zhì)粒進行測序分析。
pBM16A載體圖譜
常見問題分析
重組子克隆菌少，或陽性率低：
(1)感受態(tài)效率低，使用轉(zhuǎn)化效率>5×107cfu/µg 的感受態(tài)細胞
(2)連接反應(yīng)在低溫下（如放碎冰上）操作，應(yīng)該在室溫下操作。
(3)PCR 片段加入量太多或太少，按照推薦量加入。
(4)PCR 純度低，重新擴增或重新純化PCR 產(chǎn)物。
(5)PCR 質(zhì)量低，切膠時在紫外下照射時間長，需重新制備。
(6)PCR 擴增結(jié)束后，應(yīng)該再延伸 5-10 分鐘，確保片段延伸*。
(7)轉(zhuǎn)化后沒有復(fù)蘇培養(yǎng)，可以加入 SOC 或LB，培養(yǎng) 60 分鐘。
(8)克隆基因可能對宿主菌有毒性，比如某些編碼膜蛋白和 DNA 結(jié)合蛋白的基因， 某些啟動子和調(diào)節(jié)序列基因，或含有倒置或串聯(lián)重復(fù)序列的基因，選用室溫過夜培養(yǎng)平板。
載體序列：
>pBM16A Topo AGTGAGTTGATTGTGTAAAACGACGGCCAGTGTCTGAGGCTCGCTTCAGTCCTGATGCTTGATATCCCGGGCGT GTCGCCCTT$$$$AAGGGCGACACGCCCGGGATATCGCGTCTGCCTGAAGTCAATACTGACGATGGTCATAGCT GTTTCCTGTCCATAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTTGATCGGCACGTAAGAGGTTCC AACTTTCACCATAATGAAATAAGATCACTACCGGGCGTATTTTTTGAGTTATCGAGATTTTCAGGAGCTAAGGA AGCTAAAATGAGTATTCAACATTTCCGTGTCGCACTTATTCCGTTTTTTGCGGCATTTTGCCTTCCTGTTTTTG CTCACCCAGAAACGCTGGTGAAAGTAAAAGATGCTGAAGATCAGTTGGGTGCACGAGTGGGTTACATCGAACTG GATCTCAACAGCGGTAAGATCCTTGAGAGTTTTCGCCCCGAAGAACGTTTTCCAATGATGAGCACTTTTAAAGT TCTGCTATGTGGCGCGGTATTATCCCGTATTGACGCCGGGCAAGAGCAACTCGGTCGCCGCATACACTATTCTC AGAATGACTTGGTTGAGTACTCACCAGTCACAGAAAAGCATCTTACGGATGGCATGACAGTAAGAGAATTATGC AGTGCTGCCATAACCATGAGTGATAACACTGCGGCCAACTTACTTCTGACAACGATCGGAGGACCGAAGGAGCT AACCGCTTTTTTGCACAACATGGGGGATCATGTAACTCGCCTTGATCGTTGGGAACCGGAGCTGAATGAAGCCA TACCAAACGACGAGCGTGACACCACGATGCCTGTAGCAATGGCAACAACGTTGCGCAAACTATTAACTGGCGAA CTACTTACTCTAGCTTCCCGGCAACAATTAATAGACTGGATGGAGGCGGATAAAGTTGCAGGACCACTTCTGCG CTCGGCCCTTCCGGCTGGCTGGTTTATTGCTGATAAATCTGGAGCCGGTGAGCGTGGCTCTCGCGGTATCATTG CAGCACTGGGGCCAGATGGTAAGCCCTCCCGTATCGTAGTTATCTACACGACGGGGAGTCAGGCAACTATGGAT GAACGAAATAGACAGATCGCTGAGATAGGTGCCTCACTGATTAAGCATTGGTAATGAGGGCCCAAATGTAATCA CCTGGCTCACCTTCGGGTGGGCCTTTCTGCGTTGCTGGCGTTTTTCCATAGGCTCCGCCCCCCTGACGAGCATC ACAAAAATCGATGCTCAAGTCAGAGGTGGCGAAACCCGACAGGACTATAAAGATACCAGGCGTTTCCCCCTGGA AGCTCCCTCGTGCGCTCTCCTGTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCCTTCGGGAAG CGTGGCGCTTTCTCATAGCTCACGCTGTAGGTATCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTTCGCTCCAAGCTGGGCTGTG TGCACGAACCCCCCGTTCAGCCCGACCGCTGCGCCTTATCCGGTAACTATCGTCTTGAGTCCAACCCGGTAAGA CACGACTTATCGCCACTGGCAGCAGCCACTGGTAACAGGATTAGCAGAGCGAGGTATGTAGGCGGTGCTACAGA GTTCTTGAAGTGGTGGCCTAACTACGGCTACACTAGAAGAACAGTATTTGGTATCTGCGCTCTGCTGAAGCCAG TTACCTCGGAAAAAGAGTTGGTAGCTCTTGATCCGGCAAACAAACCACCGCTGGTAGCGGTGGTTTTTTTGTTT GCAAGCAGCAGATTACGCGCAGAAAAAAAGGATCTCAAGAAGATCCTTTGATTTTCTACCGAAGAAAGGCCCAC CCGTGAAGGTGAGCC
本產(chǎn)品僅供研究不用于臨床診斷
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